Litvinenko a murit la câteva săptămâni după ce a băut ceai verde impregnat cu poloniu-210 radioactiv la Hotelul Millennium din Londra, unde s-a întâlnit cu Kovtun și cu celălalt suspect, Andrei Lugovoi.
Lugovoi, în prezent un membru proeminent al parlamentului rus, a declarat că deplânge moartea unui „prieten apropiat și credincios".
Anchetatorii britanici au găsit după incidentul din 2006 urme de poloniu în locuri din Londra unde au fost cei doi bărbați, inclusiv în birouri, hoteluri, avioane și pe stadionul de fotbal Arsenal.
Aceștia au negat că ar fi comis otrăvirea, iar Rusia a refuzat să-i extrădeze pentru a fi judecați.
Litvinenko, cetățean britanic, era un fost ofițer KGB care devenise un adversar declarat al președintelui Putin. De pe patul de moarte, el l-a acuzat pe Putin că a ordonat uciderea sa, dar Kremlinul a negat întotdeauna orice rol.
Un judecător în cadrul unei anchete britanice privind cazul a concluzionat în 2016 că asasinatul a fost o operațiune a agenției de spionaj FSB din Rusia, care a fost probabil aprobată de directorul său de la acea vreme, Nikolai Patrușev, și de Putin însuși.