De citit acest material publicat de New York Times/Anatomia mutanților de Sars-CoV-2
„Pe măsură ce o celulă infectată fabrică noi coronavirusuri, ocazional se produc mici erori de copiere, numite mutații. Oamenii de știință pot urmări mutațiile pe măsură ce sunt transmise printr-o descendență, care este o ramură a arborelui genealogic viral”, scrie New York Times . Publicația americană a întocmit un dosar al evoluției coronavirusului vinovat de pandemia izbucnită anul trecut.
<< Un grup de coronavirusuri care împărtășesc același set moștenit de mutații distinctive se numește o variantă. Dacă se acumulează suficiente mutații într-o descendență, virusurile pot dobândi caracteristici care ducă la moduri net diferite de funcționare. Aceste descendențe ajung să fie cunoscute sub numele de tulpini. Covid-19 este cauzat de o tulpină de coronavirus cunoscută sub numele de SARS-CoV-2.
În cursul pandemiei, au apărut o serie de variante ale SARS-CoV-2. Unele dintre ele stârnesc îngrijorarea că ar putea prelungi pandemia sau că vor face vaccinurile mai puțin eficiente.
Descendența B.1.1.7
Acest grup de coronavirusuri a ieșit la iveală în Marea Britanie, unde a fost numit Variant of Concern 202012/01. Varianta este, de asemenea, cunoscută sub numele de 20I/501Y.V1 sau pur și simplu B.1.1.7.
Se crede că coronavirusurile din linia B.1.1.7 sunt cu 30 până la 50 la sută mai infecțioase decât alte variante aflate în circulație astăzi. De asemenea, este probabil să fie mai mortale, potrivit studiilor efectuate în Marea Britanie.
După descoperirea sa, decembrie, a apărut rapid în alte țări și a crescut într-un ritm exponențial. În Statele Unite, se dublează la fiecare zece zile. Dovezile preliminare sugerează că B.1.1.7 este cu aproximativ 35% mai mortal decât alte variante. Dar testele sugerează că vaccinurile încă funcționează bine împotriva sa. B.1.1.7 pare a fi mai infecțios datorită mai multor mutații ale proteinei sale spike, pe care coronavirusul o folosește pentru a se atașa de celule.
Mutații-cheie în B.1.1.7
Mutațiile din proteina spike includ:
- N501Y, care ajută virusul să se prindă mai bine de celulele umane, dar nu este probabil ca mutația să ajute virusul să se sustragă vaccinurilor actuale.
- P681H, care poate ajuta celulele infectate să creeze mai eficient noi proteine spike.
- H69 – V70 și Y144 / 145, care modifică forma proteinei spike și pot ajuta la eludarea unor anticorpi.
Varianta a fost detectată pentru prima dată în Regatul Unit, în decembrie, iar după analizarea unor eșantioane anterioare a fost depistată încă din 20 septembrie.
B.1.1.7 a fost acum detectată în peste 80 de țări. În SUA, prima dată a fost raportată în ianuarie și a ajuns până acum la cel puțin 39 de state.
Centrele pentru controlul și prevenirea bolilor au avertizat că B.1.1.7 ar putea deveni sursa predominantă a tuturor infecțiilor în Statele Unite, până în martie.
Descendența B.1.351
O variantă cunoscută sub numele de 20H/501Y.V2, din linia de coronavirusuri B.1.351, a fost identificată pentru prima dată în Africa de Sud, în decembrie.
Oamenii de știință sunt îngrijorați de această variantă, deoarece studiile clinice ale vaccinurilor arată că protecția ar fi mai mică împotriva B.1.351. Este posibil ca persoanele care se recuperează după infecția cu alte variante să nu poată respinge B.1.351, deoarece anticorpii lor nu vor apuca cu fermitate virusurile. F.D.A. pregătește un plan pentru actualizarea vaccinurilor dacă varianta se va răspândi în Statele Unite.
Mutații-cheie în B.1.351
Mutațiile din apropierea vârfului proteinei spike includ:
- N501Y, care ajută virusul să se prindă mai bine de celulele umane. Această mutație apare și în linia B.1.1.7 și P.1.
- K417N, care ajută, de asemenea, virusul să se lege mai strâns de celulele umane.
- E484K, care poate ajuta virusul să evite anumite tipuri de anticorpi.
Varianta s-a răspândit din Africa de Sud în țările vecine și a fost detectată în Statele Unite în ianuarie. De atunci, s-a răspândit în cel puțin 24 de țări.
A fost detectată în cel puțin opt state americane, inclusiv la un rezident din Connecticut, care a fost internat în New York.
Descendența P.1
O variantă cunoscută sub numele de 20J / 501Y.V3 provine din linia P.1, o ramură a liniei mai mari B.1.1.28.
Varianta a fost raportată pentru prima dată în Japonia, la patru persoane care au contractat P.1 într-o călătorie în Brazilia. Linia a apărut la sfârșitul anului 2020 în Manaus, cel mai mare oraș din regiunea Amazonului, din Brazilia. A devenit rapid varianta predominantă acolo și în alte câteva orașe din America de Sud.
P.1 este o rudă apropiată a B.1.351 și prezintă câteva mutații identice pe proteina spike a coronavirusului. Poate fi capabilă să reziste imunității dobândite de oranismul uman după infectarea cu alte variante.
Mutații-cheie P.1
Mutațiile-cheie ale proteinei spike sunt similare cu cele din descendența B.1.351, deși au apărut independent:
- N501Y, care ajută virusul să se prindă mai bine de celulele umane. Această mutație apare și în descendențele B.1.1.7 și B.1.351.
- K417T, care este aceeași ca și mutația K417N din descendența B.1.351. De asemenea, poate ajuta la ancorarea mai fermă a virusului.
- E484K, care poate ajuta virusul să evite anumite tipuri de anticorpi.
P.1 a fost descoperită în decembrie și a ajuns în Statele Unite în ianuarie, dar este posibil să fi circulat încă din octombrie, în Manaus, Brazilia. Acum s-a răspândit în mai multe țări.
P.1 a fost detectat în două state americane: Minnesota și Oklahoma.
Mutații care preocupă
Mutații unice care pot face coronavirusul mai infecțios sau îl pot ajuta să evite anticorpii.
???? Mutația Spike D614G a apărut în estul Chinei, la începutul pandemiei, și apoi s-a răspândit rapid în întreaga lume, înlocuind alte coronavirusuri care nu prezentau mutația respectivă.
Se crede că mutația D614G face coronavirusul mai infecțios, dar nu pare să facă boala mai severă sau să ajute virusul să scape de vaccinuri.
D614G este foarte răspândită.
???? Mutația N501Y a apărut independent în mai multe variante de preocupare, inclusiv descendențele B.1.1.7, B.1.351 și P.1.
Mutația este aproape de extremitatea proteinei spike a coronavirusului. Se pare că schimbă forma proteinei pentru a se potrivi mai bine cu celulele umane.
???? Mutația E484K a apărut independent în mai multe descendențe, inclusiv B.1.351 și P.1. Oamenii de știință sunt, de asemenea, îngrijorați de faptul că mutația a fost găsită recent în unele eșantioane din linia B.1.1.7, din Marea Britanie.
Mutația se produce aproape de vârful proteinei spike coronavirusului, modificând forma proteinei. Această modificare poate ajuta „țepușele” (spike) să se sustragă unor tipuri de anticorpi.
E484K a fost găsită în Brazilia, Marea Britanie, Statele Unite, Canada și Argentina.
???? Mutația L452R nu este comună în Statele Unite, dar s-a răspândit recent în California, în special în zona Los Angeles.
Mutația apare în mai multe linii și a fost observată pentru prima dată în Danemarca, în martie. Este posibil ca mutația L452R să-i dea coronavirusului un avantaj în răspândire, raportat la alte variante, dar rezultatele experimentelor care să demonstreze acest lucru încă nu au sosit.
Aproximativ 45% din probele actuale din California prezintă această mutație.
În unele linii mutația a fost Q677P, unde cel de-al 677-lea aminoacid al proteinei spike s-a schimbat din glutamină (Q) în prolină (P). În alte linii a fost Q677H, unde același aminoacid s-a schimbat în histidină (H).
???? Mutația Q677 a apărut în cel puțin șapte descendențe de coronavirus care se răspândesc în Statele Unite, dar nu este clar dacă mutația face variantele mai contagioase.
Localizarea mutației, pe partea laterală a proteinei spike, sugerează că ar putea ajuta coronavirusul să pătrundă mai ușor și să infecteze celulele umane.
Mutația a fost observată în New Mexico și Louisiana, la sfârșitul anului 2020. Se pare că se împrăștiată prin Statele Unite, dar țara nu efectuează suficientă secvențiere genetică pentru a determina nivelul exact de răspândire.
Unele dintre cele șapte descendențe s-au răspândit în străinătate, iar mutația Q677 a apărut, de asemenea, în mod independent în alte țări.
Alte variante aflate pe radar
Aceste variante nu s-au dovedit încă a fi mai infecțioase.
Varianta CAL.20C a fost descoperită în California, a apărut la sfârșitul anului 2020 și se întinde pe descendențele B.1.427 și B.1.429. Prezintă mutația L452R, menționată mai sus. Dar nu este încă clar dacă este mai infecțioasă. Până la începutul lunii februarie, varianta a fost găsită în mai mult de jumătate din probele testate în Los Angeles. >>
